মূল এবং পেপটাইডগুলির মধ্যে সংযোগের মাধ্যমে তারা দুটি বা ততোধিক অ্যামিনো অ্যাসিডের মিলনকে প্রতিনিধিত্ব করে । পণ্যগুলিতে এবং প্রোটিনগুলিতে, এই বন্ধনগুলি পেপটাইড বন্ধনের সাথে সম্পর্কিত এবং কারবক্সাইল গ্রুপের প্রতিক্রিয়ার ফলাফলের সাথে অন্যটির অ্যামিনো গ্রুপের সাথে জলের অণু নির্মূলের সাথে সম্পর্কিত।
পেপটাইড বন্ড (-CO-NH-) সাধারণত একটি একক বন্ড হিসাবে প্রতিনিধিত্ব করা হয়। তবে তা ছাড়া, বেশ কয়েকটি বৈশিষ্ট্য রয়েছে যা ডাবল বন্ড হিসাবে আনুমানিক। যেহেতু নাইট্রোজেন অক্সিজেনের তুলনায় কম বৈদ্যুতিন হয় তাই সিও বন্ডের 60% ডাবল বন্ডের অক্ষর থাকে এবং সিএন বন্ড 40% থাকে। সুতরাং, পেপটাইড বন্ডের সিও এবং এনসি বন্ডগুলির একক বন্ড এবং ডাবল বন্ডের মধ্যে মধ্যবর্তী বৈশিষ্ট্য রয়েছে। আসলে, সিও এবং সিএন বন্ডে পরিমাপ করা আন্তঃসংযোগগত দূরত্বগুলি একক সংযোগ এবং ডাবল বন্ডের মধ্যস্থতাকারী। এই পারমাণবিক বিন্যাসটি অনুরণন দ্বারা স্থিতিশীল হয়, যাতে পেপটাইড বন্ড গঠনের সাথে জড়িত ছয়টি পরমাণু একই বিমানে অন্তর্ভুক্ত থাকে।
অনুরণনের আরেকটি গুরুত্বপূর্ণ পরিণতি হ'ল এটি পেপটাইড বন্ডের মেরুতা বৃদ্ধি করে এবং একটি দ্বিপদী মুহুর্তটি প্রতিষ্ঠিত করে (উপরের টেবিলের ডান চিত্র)। এই কারণে, প্রতিটি পেপটাইড বন্ড দুটি হাইড্রোজেন বন্ডে অংশ নিতে পারে। এর মধ্যে একটিতে, -NH- গ্রুপ হাইড্রোজেন দাতা হিসাবে কাজ করে এবং অন্যটিতে -CO-গ্রুপ হাইড্রোজেন রিসেপ্টর হিসাবে কাজ করে। এই সম্পত্তিটি প্রোটিনগুলির ত্রি-মাত্রিক ভাঁজগুলিতে উল্লেখযোগ্য অবদান রাখে, যেমন আমরা পরে দেখব see
আংশিক প্রকৃতি ডবল বন্ড বন্ধনে যে পেপটাইড বন্ধনে সি এবং এন পরমাণু যোগদান মুক্ত ঘূর্ণন বাধা দেয়। ডাবল বন্ডের এই দৃff়তা পেপটাইডগুলির ধারণাগত সম্ভাবনাকে সীমাবদ্ধ করে। দুটি সম্ভাব্য কনফিগারেশন রয়েছে:
- সিআইএস কনফিগারেশন: দুটি সিএ ডাবল বন্ডের একই দিকে রয়েছে।
- ট্রান্সফার কনফিগারেশন: দুটি Ca এর ডাবল বন্ডের আলাদা দিক রয়েছে।
এটি লক্ষ করা উচিত যে, সাধারণত, পেপটাইড বন্ধনকে একটি একক বন্ড হিসাবে উপস্থাপন করা হয় । যাই হোক না কেন, এর বেশ কয়েকটি বৈশিষ্ট্য রয়েছে যা এটিকে ডাবল বন্ধনের নিকটে পরিণত করে। এজন্য বিশেষজ্ঞরা সাধারণত উল্লেখ করেন যে পেপটাইড বন্ডের এমন বৈশিষ্ট্য রয়েছে যা এটি একটি একক বন্ড এবং ডাবল বন্ডের মধ্যবর্তী স্থানে রাখে।